Tras la conquista española la población asentada en el pueblo de Cuanajo debió experimentar los rigores de este proceso, por lo que cabe presumir que se habría dispersado en los años posteriores y había permanecido remontada en lugares de difícil acceso, rehuyendo al contacto de españoles. Se presume que los recursos naturales de Cuanajo se encontraron formalmente adscritos a la encomienda que tuvo como cabecera el pueblo de Urapa, que ahora forma parte del municipio de Ario de Rosales, la que habría sido otorgada por Hernán Cortés a Diego Rodríguez Sobre lo que hemos aseverado una carta de Alonso de Estrada al bachiller Juan de Ortega refiere “que habían dicho que casi todos los indios de Rodríguez se habían ido al monte y le pedía a ortega que los redujeran a servir” Los recursos naturales adscritos a la encomienda de Urapa debían tributar 80 cargas de bastimentos puestos en la minas.
La situación de sojuzgamiento y explotación de la población indígena alcanzo tal intensidad que en 1539, Cuanajo figuro en una lista de once pueblos de los que el virrey Antonio de Mendoza ordeno que tuvieran que aportar mano de obra para la construcción del camino entre Zinapécuaro y Tzintzuntzan. La disposición fue girada al corregidor de Marinalco para que dispusiera de “Los indios que vos pareciere, según sus posibilidades y calidades hacia tanto que el dicho camino de acabe y aderece”
Tras el impacto inicial de la conquista del antiguo señorío purépecha debió registrarse el rápido repoblamiento de la comarca lacustre de Pátzcuaro, pues para el año 1545 se había erigido ya un corregimiento que tenía ambiguamente como referentes administrativas los pueblos de Cuanajo y Urapa, en lo que se presume trato de seguirse lo mas fielmente posible con lo que fue la territorialización de las encomiendas. Todavía en 1691 se menciona el pueblo de Cuanajo como l sede de un corregimiento, cuya jurisdicción se extendía hasta la comarca de Carácuaro-Nocupétaro.
Se presume que la evangelización de la población indígena de Cuanajo habría sido obra de los padres agustinos, los que entre 1538 y 1539 fundaron sus importantes conventos en Tiripetio y Tacámbaro, a medio camino de los cuales se encuentra esta comunidad, bajo la dinámica y visionaria conducción de fray Juan de San Román. En ese contexto se explicaría la asignación de la advocación de Santa María de la Natividad, cuya fiesta titular es el 8 de septiembre. Para 1552 la labor de congragación de la población indígena y su elemental cristianización habría sido concluida, como lo refieren algunas fuentes eclesiásticas, en lo que también habría sido decisiva la actividad desplegada por el obispo Vasco de Quiroga.
Debió ser hacia mediados del siglo XVI cuando las autoridades coloniales otorgaron al pueblo indígena de Santa María de la Natividad Cuanajo, tierras por concepto de mercedes, para la conformación de su fundo legal y para que dispusieran de lo necesario para el sostenimiento de su vecindario y hospital. La información contenida en la documentación sobre la época colonial establece que lo que debió suceder, fue una especie de confirmación de superficies no determinadas de las que “habían estado y están en sus tierras términos y linderos desde su gentilidad”
El pueblo de la comunidad de Santa María Cuanajo fue de los pocos casos de comunidades indígenas que en transcurso de la época colonial, conservaron la mayor parte de sus tierras de usufructo colectivo en lo que se combinaron varios factores. Así las cosas, uno que resulto fue decisivo lo constituyo el hecho de que sus autoridades de Republica de indios lograron el 9 de julio de 1601, un mandamiento del noveno virrey de la Nueva España, Gaspar de Zúñiga y Acevedo conde de Monterrey, para que quedaran sin efecto el proyecto de congregación que se pretendía hacer de ese pueblo y sus dos estancias nombradas San Miguel y Tupátaro, que se pretendían concretar en la cuidad de Pátzcuaro “por no haber allí tierras y tenerlas ellos bastantes en sus puestos”. Tupátaro hubiera sido formalizado como pueblo hasta 1641segun lo refiere el padre José Guadalupe Romero bajo la advocación del apóstol Santiago.
Además de las autoridades de Cuanajo refirieron como otro elemento negativo para integrar esa congregación “que por ser de los naturales de dicho pueblo de oficio carpinteros les ocupaba labrar la madera de un monte a dos leguas de distancia del referido pueblo” El Virrey conde de Monterrey dispuso que el comisario congregación en Pátzcuaro Baltazar Dorantes de Carranza sobreseyese las diligencias que efectuaba para el caso de Santa maría de la Natividad Cuanajo y sus dos estancias. cabe destacar que en aquel entonces radicaban en Cuanajo algunas de las familias que descendientes de la antigua nobleza purépecha como lo ilustra el caso de don Pedro Cuini vecino de ese pueblo que en 1594 recibió licencia para andar a caballo con silla y frenó y traer una espada andando en hábito de español.
En el contexto de la pugna sostenida entre el clero secular y el de las órdenes religiosas este pueblo quedo adscrito a la parroquia de Pátzcuaro administrada por el diocesano hacia finales de ese siglo. En el informe anónimo de **** pueblos y lenguas de 1631 – 1632 se menciona “el pueblo de Guanacuo a dos leguas de distancia de Pátzcuaro tiene ochenta vecinos “Guipio (lugar no identificado) tenía 15y Tzurumutaro figuraba con 20. También superaba en habitantes a los poblados que pertenecían a los curatos franciscano y agustino de Pátzcuaro así mismo se destacaba que “Todos los pueblos referidos tienen sus hospitales sin tener más propio y rentas que los que los mismos indios dan y una sementeras de maíz que hacen y se gasta en lo mismo”.
Los vecinos de Santa María Cuanajo debieron sostener con cierto decoro la severa crisis demográfica que afecto a la nueva España en su conjunto, durante el primer tercio del siglo XVII y hasta estuvieron en condiciones de incrementar su patrimonio de usufructo común en el transcurso de ese siglo, la que contrario a lo que sucedió para la inmensa mayoría de los pueblos de la colonia, para ellos fue muy provechosa en este sentido. Ilustrativo al respecto fue el hecho de aquel 1 de agosto de 1663, se escrituro a favor de su hospital una donación de 30 tzitacuas de tierra efectuada por Francisco Zavala Garfias y Diego Guzmán Calvillo, vecinos de la cuidad de Pátzcuaro para lo cual asumió la representación del colectivo el prioste de esa institución. Los terrenos en cuestión se ubicaban en los parajes denominados Siquiripu y Xerquangacho-Opopeo, y habían sido propiedad mucho tiempo atrás de Don Luis de Puruata y Doña Mariana de Castilleja, de los que cumplieron su voluntad testamentaria Zavala y Guzmán, “en remuneración de muchas y buenas obras que habían recibido de dichos recursos naturales”
Pero no todo era miel sobre hojuelas y para junio de 1689, los naturales de Santa María de la Natividad Cuanajo se encontraban en abierta discrepancia con el barrio y /o estancia de Tupátaro cuyos habitantes reclamaron como de su exclusiva propiedad unos terrenos con capacidad para dos sembraduras de maíz, que se ubicaban dentro de las extensiones que irrigaban varios canales excavados y mantenidos por ellos. La justicia civil de Pátzcuaro dio la razón a los indígenas de Tupátaro, que continuaron así su proceso de separación con respecto de Cuanajo, sin embargo estos últimos repusieron con creces dicha fracción ,pues el 12 de septiembre de 1690 obtuvieron de parte de Doña María de las Heras, viuda de Juan de Peredo y como heredera de Doña Manuela de las Heras, el paraje denominado San José, en las inmediaciones de Tupátaro, en la cantidad de 110 pesos.
Pero el usufructo de los bienes de usufructo colectivo en el pueblo de Santa María de la Natividad Cuanajo no debió ser lo equitativo que establecía la moral cristiana, por lo que hacia finales del siglo XVII el bachiller Don Diego Fernández y Blanco instituyo en la capilla del lugar la misa de animas, “Por motivos justificadísimos que para ello tubo, entre los cuales fue la mala distribución de los bienes de la comunidad que advirtió en los indios, muy difícil de remediar, por ser considerables dichos bienes y tener sobrada posibilidad para el estipendio de dichas misas”.
Las actividades de laborío de maderas y otros oficios complementarios explican en buena medida la prosperidad que mantenían los vecinos de Cuanajo en los primeros años del siglo de las luces. De tal suerte que, el 25 de agosto de 1705 pudieron concretar otra operación de compra venta de tierras. En esta oportunidad con Doña Juana Núñez de Prado, quien heredo de doña Cecilia de Cázares una caballería de tierra en el momento de Quaruquaran, la que fue cedida a los de Cuanajo en la suma de 120 pesos. Poco después, en una fecha no precisada, las autoridades de Republica de Cuanajo pactaron con Miguel del Corral la compra venta de medio sitio de estancia para ganado mayor en el paraje de Quaraquaran, colindando con otro predio propiedad de José Ventura de Arriaga y Alexandre, vecino de la ciudad de Pátzcuaro, pagando por esa superficie 200 pesos.
La disponibilidad de un considerable patrimonio de terrenos de comunidad fue uno de los factores que llevaron a vecinos y autoridades de Santa María de la Natividad Cuanajo, a cumplir con las diligencias de composición ordenadas por la corona española en la segunda década del siglo XVIII y que para el caso de la comarca de Pátzcuaro se efectuaron en el periodo 1713, 1720. Ese tipo de requerimiento no les era ajeno a estos recursos naturales, pues ya en el lejano año de 1643 participaron en la composición colectiva de tierras y aguas que le fue ordenada desde la metrópoli al virrey García Sarmiento Sotomayor, conde de Salvatierra.
Así las cosas, el 15 de junio de 1714, Juan de Villegas, alcalde; Pasqual Cuin, prioste; Francisco Cuin regidor; y Francisco Tzurequi, escribano, con la representación de los vecinos de Cuanajo comparecieron ante el juez comisario Marco Antonio Pérez, al cual mostraron la documentación que les amparaba en la legitima posesión de los predios que hemos enunciados, los que de manera genética colindaban por el norte con bienes del colegio de la Compañía de Jesús de Pátzcuaro a la altura de la hacienda de La Tareta; al poniente con “sierras y montes” de posesión no determinada; al sur con medio sitio de ganado mayor en Quaruquaran propiedad de don Joseph Ventura; y al oriente con bienes de Tomas de Acosta y sus hermanos.
Las diligencias de composición sacaron a relucir que para ese entonces las extensas y feraces tierras de Cuanajo, ya había despertado la codicia de algunos de sus colindantes y sostenían con ellos varios litigios. El más importante era protagonizado con los beligerantes padres jesuitas del colegio de Pátzcuaro los que comisionaron sucesivamente a los frailes Joseph de Basaldúa y Joseph Santos, en los trabajos de inspección de campo que encomendó el juez comisario a Joseph Sagrero y Juan Romero. El punto de discordia entre los recursos naturales de Cuanajo y los jesuitas fue el paraje denominado Sicuripio, que había sido parte de la donación efectuada por don Luis Puruata y doña Mariana de Castilleja a esa comunidad. Hubo otro sitio no determinado que también redamaron los jesuitas y en el que estos ya tenían establecido un arrendatario de tierras. El paraje denominado Canacucha (Canacucho) fue contradicho en su posesion por Alonso Toribio de Rivera, Vecino de la ciudad de Pátzcuaro. Posteriormente los oficiales de la republica de indios de Pátzcuaro argumentarían derechos en una extensión no determinada de montes próximos al pueblo de Cuanajo.
No obstante esa situación la medición efectuada de los predios propiedad de Santa María de la natividad Cuanajo, estableció que sus vecinos tenían en usufructo colectivo alrededor de 22 caballerías de tierras, de las que alrededor de 6 eran tierras infructíferas y las 16 restantes de “pan llevar” es decir, para fines agropecuarios, disponían de alrededor de actuales 688 hectáreas. Mientas que de terrenos ásperos y serranos se consideraron poco más de ocho sitios de ganado mayor, que equivalen en medidas de superficie moderna a 14,048 hectáreas. Sobre ese tipo de predios se destacó que “y aunque semejantes montes por su copia no tienen estimación, para los recursos naturales de ese pueblo porque los defienden, son apreciables por ser todos de oficio carpintero que hacen tablazón, cajas, escritorios y lo que es mas tejamanil, de que toda la provincia se provee.
Las autoridades de Cuanajo ofrecieron por concepto de composición 80 pesos, pero los funcionarios del ramo impusieron a su discreción el pago de 120 pesos, advirtiendo la capacidad económica de los recursos naturales de ese pueblo. Para cumplir con esta obligación entregaron una libranza que realizo a su favor Francisco de Aguirre Y Arreola, la que fue depositada en manos de Pedro Otero Bermúdez. Sin embargo, este personaje debió efectuar alguna malversación de este dinero, pues 18 años después, en junio de 1733 dicha suma no había ingresado aun a las cajas reales, lo que fue requerido en términos energéticos a los vecinos Cuanajo así como el complemento de los Otros 40 pesos. Los pobladores argumentaron las condiciones de pobreza por las que atravesaban en ese entonces, con el propósito de ganar tiempo y poder reunir la cantidad pendiente de cubrir. En ese contexto, los indígenas de Cuanajo denunciaron ante las autoridades civiles de la ciudad de Pátzcuaro a un individuo identificado como Antonio Sánchez, quien había derribado una mojonera que fijaba los límites de sus tierras comunales la que fue construida en 1715 en el marco de la diligencias de composición dispuestas por el juez comisario Marco Antonio Pérez. Los pobladores interpretaron la actuación de ese individuo como una maniobra para usurpar parte de sus bienes, por lo que se apresuraron a reunir y entregar los 40 pesos que aun adeudaban por concepto de composición.
La geografía eclesiástica de la comarca de Cuanajo no cambio de manera sustancial a lo largo del periodo colonial. Hasta 1765 este pueblo fue figura aun como el más poblado de la demarcación de Pátzcuaro, pues contaba con 97 indios casados, “que hacen con sus mujeres 180, 19 viudos y viudas, 24 de doctrina, muchachos y muchachas, que todo hace un total de 223”. Mientras que en su vecino y sempiterno rival de Tupátaro su población en conjunto ascendía a 118 individuos; y en Tzurúmutaro radicaban 93.
Por las condiciones de desigualdad y miseria que prevalecieron en la Nueva España no debemos desestimar que los habitantes de Santa María de la Natividad Cuanajo, hayan tomado parte en los motines del predio 1766 - 1767, ocasionados por la expulsión de los religiosos jesuitas y que tuvieron como epicentro las jurisdicciones de Pátzcuaro Y Uruapan, cimbrando las estructuras del régimen colonial y preludian lo que sería el gran movimiento de la independencia nacional. En su caso específico los indígenas de Cuanajo se habían involucrado en el conflicto más que por identificación con los jesuitas, con los que persistía el litigio de tierras, por la lealtad que guardaban al gobernador indígena de la provincia don Pedro Soria de Villarroel, cabeza visible del movimiento.
La comarca comprendida entre las ciudades de Valladolid (Morelia) y Pátzcuaro fue una de las que resistieron con mayor rigor los efectos de la guerra de Independencia en la intendencia de Valladolid (Morelia), realistas e insurgentes depredaron de hombres y recursos a los diferentes pueblos y fincas de campo en lo que Santa María de la Natividad Cuanajo no debió ser la excepción. Sin embargo, no contamos con información detallada sobre el desarrollo del conflicto en este lugar y su entorno.
Tras la consumación de la Independencia la normalidad regreso de manera paulatina y los pueblos recobraron sus actividades habituales, aunque ahora en el contexto generado por la nueva realidad económica, social y política. Para 1822, según los datos consignados en su Análisis Estadístico por el sabio Juan José Martínez de Lejarza, Cuanajo Integraba la jurisdicción del ayuntamiento de
Pátzcuaro, y lo describe como un “pueblito de indios, barrio de Pátzcuaro, situado al este de aquella Ciudad, de la que dista tres leguas hacia el camino de Valladolid (Morelia). Es de fundación antigua y sus reyes o caciques recibieron la fe católica en 1522”. Para ese entonces fue desplazado como el más importante demográficamente de los sujetos de Pátzcuaro por san jerónimo Janitzio, en donde radicaban 915 personas. Mientras que en Cuanajo había 357 almas, de la que 77 eran solteros, 82 casados, 13 viudos, 87 solteras, 82 casados y 16v viudas. Pero superaba con creces a Tzurúmutaro que tenía 111 vecino; y a su antiguo dependiente Santiago Tupátaro en el radicaban 144 personas.